2020 жылғы Қазақстан кубогының бірінші топтық кезеңінің жеребе тарту рәсімі өтті. Жеребе бойынша 15 команда төрт топқа бөлінді. Әр топтың жеңімпаздары Қазақстан кубогының 1/8 финалына жолдама алады.

Группа «А»: «Атырау», «Ақсу», «Академия Оңтүстік», «Экибастуз»;

Группа «B»: «Ақжайық», СДЮСШОР №8, «Қыран», «Темирлан»;

Группа «C»: «Ақтөбе», ФЦ Дидара Сыдыкбека, «Арысь», «Рузаевка»;

Группа «D»: «Алтай», «Мақтаарал», «Игілік».